Госдума РФ ратифицировала 21 октября 2009 года российско-таджикское межправительственное соглашение о создании и деятельности Международного научно-исследовательского центра «Памир-Чакалтая». 
30 октября 2009 года Совет Федерации на 257-ом пленарном заседании одобрил ратификацию данного Соглашения.
Федеральный закон РФ от 9 ноября 2009 г. №255-ФЗ "О ратификации Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Таджикистан о создании и деятельности Международного научно-исследовательского центра «Памир-Чакалтая»" подписан Президентом России Д.А. Медведевым 9 ноября 2009 г.

   По информации заместителя министра образования и науки РФ Юрия Сентюрина, представлявшего по поручению Правительства РФ вопрос о ратификации Соглашения на заседаниях обеих палат Федерального Собрания РФ, МНИЦ «Памир-Чакалтая» создается для возобновления актуальных ядерно- и астрофизических исследований космических лучей сверхвысоких энергий на уникальной научной установке в горах Восточного Памира на высоте 4400 м над уровнем моря. Центр создается на паритетной основе с равнодолевым первоначальным взносом Сторон в имущество Центра, которое после ликвидации Центра, возможной по истечению 25-летнего первоначального срока действия Соглашения, безвозмездно передается Таджикистану.
   Замминистра отметил, что подписанное с таджикской стороной соглашение является результатом длительного поиска взаимоприемлемого решения спорного вопроса о национальной принадлежности научной установки, находящейся на Памире.
   Ю.П. Сентюрин заверил, что принципы формирования и функционирования МНИЦ обеспечат имущественную и юридическую защиту интересов российских ученых и позволят им продолжить исследования на равноправной основе с использованием всего потенциала научного полигона, расположенного на Памире. 
   Соглашением определены обязанности Сторон по содержанию и финансированию Центра, в том числе с привлечением третьих государств и международных организаций. Прописываются также органы управления, порядок работы, льготы, привилегии и иммунитеты Центра и его должностных лиц. 

     Парламент Таджикистана ратифицировал Соглашение ранее 12 февраля 2009 года, о чем официально уведомил Российскую сторону.